富栄養化した湖沼、夏期に大発生して水の華（アオコ）を形成する。水の華を形成する代表的なものはMicrosystis属であるが、そのなかにはミクロキスチンなど有害物質を生産する種類もある。そのほかにも上水道の目づまりや水に異臭味をつけるなど水道障害を起こす種類もある。

　　大発生すると淡水赤潮を形
　成する。Peridinium属のなか
　には、毒性物質を生産して魚
　類へい死を引き起こす種類
　もある。

　　大発生すると浄水場での濾
　過障害を起こしたりする種類
　もある。